公元前221年，秦始皇嬴政灭六国建立大一统皇朝，为了万世的基业，嬴政千方百计追求长生之道，一时间，长生之风席卷朝野，各类奇人秘术层出不穷。在朝廷上下的推崇之下，御前方士徐福暗中设长生殿，召集世间炼丹之士，研究长生不老、逆转生死的各类奇门秘术，祸乱伦常，草菅人命；邪门歪道兴起，世间乱象频生，不少百姓死于非命，为此鬼谷传人天机老人暗中创天机阁，行拨乱反正，为民请命之使命，对抗长生殿，清正朝纲。
天机阁隐于江湖之中，招揽世间奇人异士，培养将相之才，势力遍布于朝野，匡扶正义，拯救天下，并在朝代更替中推动着时代前行，为百姓谋取太平盛世。随着世代的传承，天机阁顺应民意，推动了强秦的覆没和汉的崛起，在历代传人的努力下，创造了大汉盛世，为百姓争取了安居乐业的和平年代。
而人们追求长生的欲望没有随着朝代的更替而熄灭，长生殿在朝野众多拥趸者的助力下，日渐庞大，门徒遍布四海，更是在邪术的积累上获得了骇人听闻的进展。经过数百年的发展，天机阁不仅将鬼谷传承发扬光大，更是兼容了岐黄之术、炼丹之术等，并设青龙、朱雀、玄武、白虎四使，掌管各方事务，监察天下大势。
时至东汉末年，汉家朝廷腐朽不堪，宦官外戚干政，地方诸侯势力崛起，汉室衰微，又遇上天灾人祸，百姓苦不堪言，民不聊生。 汉室将倾，为了扶植势力，时任长生殿首座的于吉暗中在百万平民中选择张角授予其《太平天书》，并教授其奇门秘术助其创立太平道，掀起声势浩荡的黄巾起义打响倒汉第一枪。随后借着黄巾之乱，群雄纷纷起兵，天下十三州各方豪强拥兵自立，各据一方，开始陷入互相交战兼并的局面，天下大势风云变幻。
为应对乱世之局，天机阁四使各展神通；朱雀使童渊勇武无双，教出三大高徒：收徒张绣，号称北地枪王，收徒张任，名震西蜀，晚年更是收赵云为徒，传授毕生所学，三徒皆有名将之风；玄武使水镜先生蛰伏于世，阅遍世间万象，胸有雄才大略，教出卧龙、凤雏两大惊世之才，号称“卧龙、凤雏得一可安天下”，可封侯入相；白虎使华佗更是集岐黄之术之大成，行医天下，悬壶济世，用妙手回春的医术，拯救万民于苦痛之中，又创五禽戏，惠及万千百姓，收徒吴普、李当之、樊阿，皆为一方名医；而作为天机四使之首的青龙使左慈，背负拨乱反正，匡扶正义的使命，在世间寻找拯救乱世之人，收徒四人，或修习冲锋陷阵的统御之道，或修习占星卜卦的运筹之道，或修习擒王断首的刺杀之道，或修习除暴安良的游侠之道，各凭所能，用各自的方式结束乱世，还天下太平。
于吉在张角起事失败之后，不甘就此罢休，手握长生殿数百年的各类禁忌秘术，为了实现逆转生死的狂热幻想，开始亲自下场，借乱世亡魂，开始了大规模的禁术实验，经过多年的完善和试验，终有所成，随后于吉借东吴孙策之手，假死避世，并借着魔种和秘术成功还魂，成为不死不灭的永夜之王。为了打造永生不灭的大军，于吉需要大量的亡魂和军队作为实验对象，因此于吉以长生为诱，诱使曹操借东吴大小乔的纯阴之体练就长生之躯，并发动20万大军南下，意图平定江东并强夺双姝；当时客居荆州的刘备势力独力难支，而东吴惧于曹魏兵威也是急于求援，于是孙刘联盟共抗曹魏，掀起赤壁之战。 而幕后的推波助澜者于吉，却未如曹操所愿，暗中掳走大小乔，并在赤壁战场附近设立还魂大阵，企图借助大小乔特殊的体质，充当大阵的祭品，复活大战中牺牲的士兵，为他所用。天机阁暗中探知于吉所图，为挫败于吉的阴谋，青龙使左慈携弟子前往赤壁战场，阻止了于吉实施秘术，并救出了大小乔，于吉趁乱而去，留下无限谜团。
少了于吉的变数，曹军在孙吴联军的火攻之下，死伤惨重，加上水土不服等疾病，曹军惨败而逃。而刘备得以在荆州站稳脚跟，三足鼎立之势初成。
